Die Klosterkirche von ca. 1120 wurde wohl unter dem Einfluß der Hirsauer Reform errichtet: als Pfeilerbasilika mit Vorhalle, allerdings ohne Querhaus, darin folgt sie der Tradition der "alpenländischen Basilika".
Die beiden östlichen, tonnengewölbten Joche des Haupt- bzw. Mittelschiffs bildeten den Hauptchor, die jeweils drei östlichen, kreuzgratgewölbten Joche der beiden Seitenschiffe die Nebenchöre. Die durch Bogenöffnungen verbundenen Chorteile schlossen in drei Apsiden. Anstelle der Hauptapsis ließ Abt Georg 1519 einen mächtigen gotischen Chor mit Sternrippengewölbe errichten.
Das Mittelschiff war durch den Einbau des Getreidekastens lange Zeit ein düsterer Raum mit tiefliegender flacher Decke, nur das letzte östliche Joch war mit Tonne überwölbt. Erst mit der Kirchenrenovierung (1970 - 1978) konnte die alte, kunstvoll erstellte Renaissance-Decke des Hauptschiffes aus dem Jahr 1542 wieder freigelegt und aufwendig restauriert werden.